Vom Konzept zur Umsetzung: Wie ARC und Invenio FAIR Digital Objects Realität werden lassen (DataPLANT)

DataPLANT schließt die Lücke zwischen komplexen Datenstandards und dem Forschungsalltag.

Die technische Einstiegsbarriere bleibt eine der größten Hürden im Forschungsdatenmanagement (FDM). Viele Forschende unterstützen die Idee von FAIR-Daten, stehen in der Praxis jedoch vor komplexen Metadatenstandards, JSON-Dateien und technischen Protokollen, die weit von ihrer täglichen Arbeit im Labor oder im Feld entfernt sind. 

Wir von DataPLANT begegnen dieser Herausforderung direkt. Wir betrachten Wissenschaftler als „Content Creator“ und nicht als Datentechniker. Unsere Lösung ist der Annotated Research Context (ARC). Dieses standardisierte und dennoch flexible Paket bündelt Forschungsdaten, Metadaten und Workflow-Beschreibungen. Bereits mehr als 2.000 ARCs wurden von der Community erstellt und zeigen die breite Akzeptanz dieses Ansatzes in der Pflanzenforschung.

Der ARC baut direkt auf dem internationalen RO-Crate-Standard auf. DataPLANT hat dieses Basiskonzept zu einem praxisnahen Werkzeug weiterentwickelt, das speziell auf die Anforderungen der Pflanzenforschung zugeschnitten ist. 

Komplexität einfach handhaben

Wir verlangen von Forschenden nicht, Programmiercode zu schreiben, um ihre Daten FAIR zu gestalten. Stattdessen bietet DataPLANT intuitive Werkzeuge wie den ARCitect. Damit strukturieren Sie Ihre Forschung in vertrauten Formaten, beispielsweise über Tabellenkalkulationen mit kontrollierten Vokabularen. Der ARC fungiert dabei als Gerüst: Er übersetzt Ihre Eingaben im Hintergrund automatisch in standardkonforme Metadaten (RO-Crate). So können sich Forschende auf die Dokumentation ihrer Experimente konzentrieren, ohne sich mit technischen Datenformaten beschäftigen zu müssen.

Praxisnahe Umsetzung

Ein aktueller Meilenstein transformiert den ARC von einem statischen Speicherformat in ein aktives Publikationsmodell. Durch die neue Integration in die Invenio-Plattform ermöglicht DataPLANT die erste „echte“ Datenpublikation. Hierbei wird das FAIR Digital Object (FDO) nicht nur archiviert, sondern direkt visualisiert und nutzbar gemacht.

Den Kern dieser Innovation bildet der Data Storage Resolver. Dieser Mechanismus trennt den persistenten Publikationsdatensatz von dem physischen Speicherort der Daten. Es spielt keine Rolle, ob die umfangreichen Rohdaten in einem S3-Bucket bei DataPLANT liegen, an das European Nucleotide Archive (ENA) übertragen werden oder auf einem lokalen HPC-Cluster verbleiben. Der Publikationsdatensatz bleibt stabil und gültig.

Diese Transparenz stellt sicher, dass Daten auffindbar und zugänglich (FAIR) bleiben – unabhängig davon, wo sie physisch gespeichert sind. Dadurch werden Datenpublikationen robust gegenüber sich verändernden Speicher- und Infrastrukturumgebungen.  

Durch die Kombination aus anwenderfreundlichen Werkzeugen und einem leistungsstarken, dezentralen Backend macht DataPLANT das abstrakte Konzept der FDOs für die Pflanzenforschung zur gelebten Praxis.

Über DataPLANT:

• https://nfdi4plants.org/
• Information zu DataPLANT und dem ARC-Infrastruktur

ARCitect Desktop App: 

• https://github.com/nfdi4plants/ARCitect
• Grafisches Interface zur Erstellung von ARCs

DataPLANT Knowledge Base:

• https://nfdi4plants.github.io/nfdi4plants.knowledgebase/
• Schritt-für-Schritt-Anleitungen zur Erstellung eines ARCs

Was ist RO-Crate?

• https://www.researchobject.org/ro-crate/
• Hintergrundinformationen zum zugrunde liegenden Standard

Invenio Publication Portal:

• https://archive.nfdi4plants.org/
• Durchsuchen und Publizieren von ARCs als FAIR Digital Objects

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