Über uns
NFDI4BIOIMAGE setzt sich zum Ziel, das Datenmanagement für biologische Bilddaten und Bildanalyse für Forschende in Deutschland und in Abstimmung mit internationalen Partnern zu etablieren und weiterzuentwickeln. Das Konsortium setzt sich aus Expert:innen und für (Licht-)Mikroskopie und Bildanalyse (Bioimage Informatics) zusammen. Mehrere Ko-Sprechende leiten Mikroskopie- oder multimodale Gerätezentren und sind über den gemeinnützigen Verein German BioImaging – Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V. vernetzt und gemeinsam für die Belange der Mikroskopie-Fachgemeinschaft aktiv. Zudem sind die Ko-Sprechenden und Beteiligten für ihre fachlichen Beiträge im Bereich Bildanalyse, für Mikroskopie-Systeme oder für Datenmanagementkonzepte und -systeme international anerkannt.
Mit zahlreichen Beiträgen aus der wissenschaftlichen Gemeinschaft über Fächergrenzen hinweg stellt sich NFDI4BIOIMAGE als vorrangig methodenzentriertes Konsortium den besonderen Herausforderungen, die mit den in großer Menge anfallenden, hochdimensionalen Bilddaten der modernen Mikroskopie einhergehen. Zu den Zielen gehört die Entwicklung eines Cloud-kompatiblen FAIR Digital Object–Standards für biologische Bildgebung, die Weiterentwicklung von Metadaten-Standards und Annotationswerkzeugen, die Verknüpfung zwischen lokalen Speicherlösungen und geeigneten Mikroskopie-Daten-Repositorien, die bessere Reproduzierbarkeit von Bildanalyse-Arbeitsabläufen sowie die Verbreitung von Best Practices in der wissenschaftlichen Fachgemeinschaft.
Ziele
- Standardisierung von Bilddatenformaten für biologische Bildgebung vorantreiben
- Etablierung eines FAIR Digital Objects-Standards mit Next-Generation Dateiformaten für Cloud-basierte Bilddatenverwendung
- Verbesserung von Metadaten-Standards und Annotationshilfen
- Höhere Reproduzierbarkeit von Bildanalyse-Prozessen
- Bessere Verknüpfung von gängigen Bildanalyse-Werkzeugen für lückenlose Dokumentation
- Multimodale Datenintegration von Bilddaten mit unterschiedlichen Datentypen anderer experimenteller Ansätze und Fachdisziplinen
- Die wissenschaftliche Gemeinschaft fächerübergreifend mit Fachwissen und Kompetenzen im Bereich Management von biologischen Bilddaten ausbilden.
- Internationale Vernetzung und starke Sichtbarkeit von NFDI in der internationalen Fachgemeinschaft für Mikroskopie
Aufgabenbereiche
NFDI4BIOIMAGE ist in sechs Aufgabengebiete (Task Areas) gegliedert. Mindestens zwei Ko-Sprechende verantworten gemeinsam einen Aufgabenbereich.
Prof. Dr. Stefanie Weidtkamp-Peters
Sprecherin des Konsortiums
(Mit-)Antragstellende Institutionen und (Co-)Sprecher:innen:
(Co-)Sprecher:innen:
- Prof. Dr. Elisa May, Deutsches Krebsforschungszentrum, Heidelberg & Universität Konstanz
- Dr. Jan-Philipp Mallm, Deutsches Krebsforschungszentrum, Heidelberg
- Joshua Moore, ausführender Ko-Sprecher mit S. Weidtkamp-Peters, Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse (GerBI-GMB)
- Dr. Susanne Kunis, Universität Osnabrück
- Dr. Werner Zuschratter, Leibniz-Institut für Neurobiologie, Magdeburg
- Torsten Stöter, ausführender Ko-Sprecher mit W. Zuschratter, Leibniz-Institut für Neurobiologie, Magdeburg
- Dr. Björn Grüning, Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
- Dr. Markus-Blank-Burian, Westfälische Wilhelms-Universität Münster
- Dr. Thomas Zobel, Westfälische Wilhelms-Universität Münster
- Dr. Anna Kreshuk, Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie
- Prof. Dr. Marc-Thilo Figge, Leibniz Institut für Naturstoffforschung und Infektionsbiologie, Hans Knöll Institut
- Dr. Robert Haase, Technische Universität Dresden
(Mit-)Antragstellende Institutionen:
- Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf
- Albert Ludwigs-Universität Freiburg
- Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie
- German BioImaging – Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V.
- Deutsches Krebsforschungszentrum
- Leibniz-Institut für Naturstoffforschung und Infektionsbiologie
- Leibniz-Institut für Neurobiologie
- Technische Universität Dresden
- Universität Konstanz
- Westfälische Wilhelms-Universität Münster
- Universität Osnabrück
Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf (HHU)
Antragsstellende Institution
Beteiligte Institutionen
- Forschungszentrum Jülich
- Georg-August-Universität Göttingen
- Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung
- Johannes Gutenberg Universität Mainz
- Leibniz-Institut für Photonische Technologien
- Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften
- Leibniz-Institut für Plasmaforschung und Technologie
- Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie, Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaft
- Universität Heidelberg
- Hochschule für Angewandte Wissenschaft und Kunst – Hildesheim/Holzminden/Göttingen
- Universität zu Köln
- Jean-Marie Burel, University of Dundee, UK
Prof. Dr. Stefanie Weidtkamp-Peters
Sprecherin des Konsortiums
Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf (HHU)
Antragsstellende Institution
(Mit-)Antragstellende Institutionen und (Co-)Sprecher:innen:
(Co-)Sprecher:innen:
- Prof. Dr. Elisa May, Deutsches Krebsforschungszentrum, Heidelberg & Universität Konstanz
- Dr. Jan-Philipp Mallm, Deutsches Krebsforschungszentrum, Heidelberg
- Joshua Moore, ausführender Ko-Sprecher mit S. Weidtkamp-Peters, Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse (GerBI-GMB)
- Dr. Susanne Kunis, Universität Osnabrück
- Dr. Werner Zuschratter, Leibniz-Institut für Neurobiologie, Magdeburg
- Torsten Stöter, ausführender Ko-Sprecher mit W. Zuschratter, Leibniz-Institut für Neurobiologie, Magdeburg
- Dr. Björn Grüning, Albert-Ludwigs-Universität Freiburg
- Dr. Markus-Blank-Burian, Westfälische Wilhelms-Universität Münster
- Dr. Thomas Zobel, Westfälische Wilhelms-Universität Münster
- Dr. Anna Kreshuk, Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie
- Prof. Dr. Marc-Thilo Figge, Leibniz Institut für Naturstoffforschung und Infektionsbiologie, Hans Knöll Institut
- Dr. Robert Haase, Technische Universität Dresden
(Mit-)Antragstellende Institutionen:
- Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf
- Albert Ludwigs-Universität Freiburg
- Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie
- German BioImaging – Gesellschaft für Mikroskopie und Bildanalyse e.V.
- Deutsches Krebsforschungszentrum
- Leibniz-Institut für Naturstoffforschung und Infektionsbiologie
- Leibniz-Institut für Neurobiologie
- Technische Universität Dresden
- Universität Konstanz
- Westfälische Wilhelms-Universität Münster
- Universität Osnabrück
Beteiligte Institutionen
- Forschungszentrum Jülich
- Georg-August-Universität Göttingen
- Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung
- Johannes Gutenberg Universität Mainz
- Leibniz-Institut für Photonische Technologien
- Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften
- Leibniz-Institut für Plasmaforschung und Technologie
- Max-Planck-Institut für Evolutionsbiologie, Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaft
- Universität Heidelberg
- Hochschule für Angewandte Wissenschaft und Kunst – Hildesheim/Holzminden/Göttingen
- Universität zu Köln
- Jean-Marie Burel, University of Dundee, UK
