NFDI4Microbiota treibt FAIR-Data in der Mikrobiologie voran, indem das Konsortium Community-Standards fördert und zuvor fragmentierte Datenressourcen kuratiert und integriert. Zwei zentrale Datenbanken, metaTraits und Metalog, haben Daten zu phänotypischen Merkmalen von Mikroben und Kontext-Metadaten zu Metagenomen FAIRifiziert.
Zusammen mit der Datenbank SPIRE unseres Partners EMBL, die einheitlich prozessierte Metagenome bereitstellt, haben diese umfangreichen und interoperablen Ressourcen eine globale Studie zum Fluss von Genen und insbesondere Antibiotikaresistenzen ermöglicht. Die vom EMBL geleitete Studie wurde kürzlich in der Fachzeitschrift Cell veröffentlicht. Die Arbeit zeigt, dass Mikrobiome weltweit stärker miteinander vernetzt sind als bisher angenommen.
Eine kleine Gruppe hochgradig anpassungsfähiger Mikroben, sogenannte Generalisten, kann in sehr unterschiedlichen Umgebungen überleben, vom Ozean bis zum menschlichen Darm. Der Mensch beschleunigt die Ausbreitung dieser Mikroben, indem er neue Verbindungen zwischen Lebensräumen schafft, die sonst getrennt bleiben würden. Wenn sich Generalisten zwischen den Habitaten bewegen, können sie durch horizontalen Gentransfer Gene mit anderen Mikroben austauschen.
Dieser Austausch kann verschiedenste Gene verbreiten, etwa Antibiotikaresistenzen (AMR), was die Relevanz des „One Health“-Konzepts unterstreicht. Die Studie zeigt eindrücklich, wie die Dateninfrastruktur von NFDI4Microbiota hochkarätige, globale Mikrobiom-Forschung ermöglicht. Durch die Integration und Analyse riesiger Datensätze über Ökosysteme hinweg können Forschende entschlüsseln, wie mikrobielle Gemeinschaften die Gesundheit von Mensch, Tier und Umwelt auf der ganzen Welt miteinander verbinden.
Publikation:
metaTraits:
Metalog:
Andere Beiträge
QualidataNet von KonsortSWD-NFDI4Society ist der „central point of entry“ für qualitative Daten und ihre Nachnachnutzung
QualidataNet – Gemeinsam qualitative Forschungsdaten sichtbar und nutzbar machen
QualidataNet ist der zentrale Zugangspunkt für die Nachnutzung, Archivierung und das Forschungsdatenmanagement qualitativer Forschungsdaten. Über das Suchportal werden qualitative Daten verschiedener Anbieter sichtbar und auffindbar gemacht. Mit praxisnahen Handreichungen, Tools wie dem Open-Source-Anonymisierungstool QualiAnon sowie internationaler Standardisierungsarbeit unterstützt QualidataNet Forschende, Lehrende und Institutionen im Umgang mit qualitativen Daten. Gleichzeitig stärkt das Netzwerk Austausch, Kooperation und die Kultur der Datennachnutzung innerhalb der Community.
Forum4MICA – Making Information Commonly Available (KonsortSWD I NFDI4Society)
Forum4MICA – Wissen zu Forschungsdaten gemeinsam zugänglich machen
Forum4MICA bündelt Informationen zu Forschungsdaten aus den Sozial-, Verhaltens-, Bildungs- und Wirtschaftswissenschaften auf einer zentralen Plattform. Forschende können dort Fragen zu komplexen Datensätzen stellen, Antworten von Expert:innen aus Forschungsdatenzentren erhalten und sich mit der Community austauschen. So entsteht ein nachhaltiges Wissensarchiv für Forschungsdatenmanagement und wissenschaftliche Vernetzung.
Gemeinsam für FAIRe Datenpraktiken – das FAIRagro FAIRness and Openness Commitment
Gemeinsam für FAIR-Daten in der Agrarforschung
FAIRagro setzt auf einen offenen, gemeinschaftsgetriebenen Ansatz, um FAIR-Daten in der Agrarforschung nachhaltig zu verankern. Mit dem FAIRness and Openness Commitment lädt die Initiative Forschende und Institutionen ein, gemeinsame Standards aktiv zu unterstützen.
Recent Comments